Busco una aplicación que los tenga encriptados de forma nativa.

usa los sms de toda la vida y borralos después, eso si, dependerá de lo rancio que seas, por que esos tienes que pagarlos, yo con algunas lumis que no les gusta whasapp uso sms, claro al final de mes , la factura sale como 30 euros mas solo en sms, en cualquier caso yo uso whastapp por que es cómodo y porque he crecido usándolo todo los putos días jajajaja.

Sobre este tema comentaría dos cosas:

1) Tenemos que acostumbrarnos a vivir en un mundo sin privacidad real. Todo lo que hacemos en Internet o a través del teléfono móvil es trazable y no tenemos manera de borrar nuestro rastro.

2) También hay que saber relativizar. Somos millones (¿cientos de millones?) de personas utilizando Internet, redes sociales, smartphones... ¿porqué iban a salir precisamente mis datos a la luz? ¿quién soy yo, para que haya algún interés en lo que hago con mi vida personal?

Yo no tengo problemas de usar whatssap ya no por la pareja sino porque mis conversaciones por whassap son solo para quedar con ella y confirmar hora y sitio.